Ash e Pikachu chegam para a aventura em uma nova região, Isshu. Há muitos Pokémon não vistos e uma jornada para o desconhecido começo. Imediatamente, Ash parte para o laboratório de pesquisa da autoridade em Pokémon da região, a profª Araragi. Mas de repente, uma nuvem negra aparece e o som de um trovão corta o céu! No seu centro, a sombra de um enorme Pokémon negro. E no momento seguinte, da sombra, Pikachu é atingido por um relâmpago!